Проголошена 19 жовтня 1596 року в Бресті церковна унія не привела до об’єднання з Римом усіх православних, які проживали в Польщі. Вірними константинопольському патріарху залишилися лише два єпископи: львівський та перемиський. Завдяки тому на першому етапі свого функціонування унія не охопила львівської і перемиської єпархії. Проте виявилося, що на інших теренах, де проживали русини, також були противники унії: деякі монастирі та релігійні братства, які об’єднували шляхту і міщан. Особливо сильний центр антиуніатської опозиції постав на Волині саме завдяки впливові місцевого магната Костянтина Острозького, котрий також висловився проти об’єднання православних з Римом.

Приєднання до унії більшості руських єпископів на чолі з митрополитом позбавило Православну Церкву в Польщі її власної ієрархії. Православні були не в змозі цьому зарадити. Щоправда, вони відмовилися підкорятися уніатським єпископам і навіть юридично позбавили їх церковних посад, але не мали можливостей реалізувати ці рішення практично. Бо до цього часу руських владик призначав і затверджував король. Він міг також і позбавити їх цих посад. Але Сигизмунд III підтримував уніатських єпископів, тому і не хотів впроваджувати в дію рішення, прийняті православними. Навпаки, він вважав усі прийняті ними рішення неправомочними. Натомість був готовий підтримати намагання уніатської сторони усунути з посад ієрархів, вірних Константинополю. З цією метою король наказав оголосити в усіх установах постанову уніатського духовенства про анафему та позбавлення посади тих духовних осіб, які не хотіли приєднатися до Католицького Костелу. Однак це не викликало якихось серйозних наслідків6. Король мусив зважати на думку православної шляхти, яка підтримувала львівського та перемиського єпископів. Вжиття будь-яких репресивних заходів проти владик могло б призвести до заворушень у державі. Однак така ситуація для польської влади була небажана, зокрема через конфлікт зі Швецією, який розпочинався.

Підписання унії з Римом було несхвальне прийняте не тільки православними в Речі Посполитій. З цього факту був незадоволений також константинопольський патріархат. Тому там були вжиті заходи щодо обмеження впливу унії. Особливо активну діяльність розпочав александрійський патріарх Мелеций Пігас, який намагався через своїх посланців підігрівати опір проти унії серед православних на території Польщі. Крім цього, він зробив спроби замінити уніатських єпископів православними владиками. Цим мали зайнятися три визначені ним екзархи: єпископ львівський Гедеон Балабан, єпископ перемиський Михайло Копистенський та найвідоміший світський визнавець православ’я Костянтин Острозький. Ці екзархи мали найвищу владу в польській Православній Церкві до часу обрання нової, повної ієрархії.

Для того, щоб обрати нових православних єпископів, потрібно було раніше отримати дозвіл короля. Крім цього, необхідно було переконати його відібрати бенефіції у тих владик, які приєдналися до унії. До прийняття таких рішень зобов’язати короля міг лише сейм. Тому власне православна шляхта намагалася переконати парламент прийняти її вимоги у справі релігії . У цій справі православним надали допомогу і євангелісти. У 1599 році дійшло навіть до спільного з’їзду православних і протестантів у Вільно. Незважаючи на це, до 1603 року визнавці православ’я не мали жодних успіхів. Навпаки, король намагався виявити свою прихильність до уніатів. Він приймав навіть певні рішення, що відповідали їхнім інтересам. Наприклад, король розпорядився усунути з посад православних архимандритів: печерського і супразького. Позбавлення Печерської Лаври викликало у православних протест. Незадоволення православних збіглося із нападом шведів на Інфлант в 1600 році. Тому Сигизмунд III, незважаючи на те, що він підтримував уніатів, змушений був зробити поступки для православних. Перший успіх противники унії мали в 1603 році, коли король відібрав в уніатського митрополита Печерську Лавру. У 1605 році Сигизмунд III був змушений піти на ще більші поступки для православних і на прохання Костянтина Острозького та його сина Януша віддав Печерський монастир православному архімандриту Єлісею Плетенецькому. Щоб компенсувати ці вимушені поступки, володар, що гаряче підтримував унію, позбавив усіх прав і взагалі будь-яких можливостей існування православну церковну ієрархію. Тим він підтвердив запропонований йому ще в 1605 році уніатським митрополитом документ Сигизмунд І з 1511 року, який надавав митрополитові повноту влади над усіма християнами грецького обряду, які проживали в Польщі. Цим Сигизмунд III визнав, що єдиною легальною владою Грецького Костелу в Польщі є уніатська ієрархія на чолі з митрополитом Почаєвським, і тільки йому належить юрисдикція над усіма визнавцями східного християнства (а тому також і над православними, які до тих пір не приєдналися до Католицького Костелу). Проте затвердження цього документа не призвело до ліквідації Православної Церкви, яка, щоправда, втратила юридичне визнання, але залишилася діючою фактично. Православ’я в Речі Посполитій впало до рангу протестантського визнання, яке не мало жодного правного обґрунтування, крім ухвали Сандомирської конфедерації.

Час показав, що Сигизмунд III попри все мусив зважати на настрої, які панували серед православної шляхти. Ця шляхта, хоч і не була в змозі самостійно відтворювати права для своєї релігії, однак своє незадоволення виражала у приєднанні до опозиційних рухів, скерованих проти короля. Одним з них був бунт Зебжидовського в 1606—1609 роках. Сигизмундові III не залишалося нічого іншого, як шляхом поступок релігійного характеру перетягнути їх з ворожого йому табору, тим більше, що сама ідея бунту не була популярною серед руської шляхти. Власне сейм 1607 року приніс православним перший вагомий успіх. Зокрема, у прийнятій в той час конституції король обіцяв, що «посади і добра духовні» не буде надавати нікому іншому, як тільки «людям шляхетним народу руського mere (тобто чистої) релігії грецької». Церковне майно, що було забрано у Православної Церкви, могло бути їй повернено через суд, за винятком деякого майна, переліченого окремо. Церковним братствам залишили їх привілеї і права. Судові процеси та вироки щодо духовних осіб підлягали касації.

Ця конституція вперше від часу проголошення Берестейської унії визнавала права неуніатської грецької Церкви, хоча поза словом mere не визначила докладніше, що йдеться про Церкву, яка не визнає патронату Папи. Мабуть, не випадково забракло в ній формулювання про те, що йдеться про православних. Король, підтримуючи унію, виразно уникав будь-яких зобов’язань щодо визнавців православ’я. А згаданий вислів «mere» (чиста грецька релігія) не мав бути інтерпретований на користь неуніатів. Бо для католиків чистою грецькою релігією було визнання уніатське, вільне від схизматичних хибних догматів. Натомість православні могли назвати «чистою» лише свою релігію, не засмічену уніатськими новинками. Сигизмунд III мусив прийняти першу інтерпретацію, хоча до кінця свого панування не надав номінації жодному православному єпископові. Не становив винятку навіть львівський єпископ Євстахій Тисаровський, котрий хоча і став православним владикою, однак перед отриманням номінації пообіцяв, що перейде до унії.

Якщо постанови сейму 1607 року мали на меті заспокоїти настрої православних громадян Речі Посполитої, то конституція 1609 року могла мати значно ширший відгук. У 1609 році відбувся похід польських військ на Москву. Сигизмунд III намагався посісти владу в Росії. Російські можновладці Були навіть готові на це погодитися, ставлячи, однак, умову, щоб не були порушені права православної релігії. Проте якщо польський володар хотів отримати довіру росіян, він змушений був довести, що в його державі не робиться жодної кривди православним. З огляду на те, що стосунки між унією та православ’ям розвивалися не надто гармонійно, потрібно було вчинити якісь юридичні поступки для неуніатської Церкви. Йшлося також про зміцнення миру в державі і про отримання підтримки православних у поході на Москву. Тому-то постанова сейму 1609 року наголошувала, щоб уніатське духовенство не перешкоджало неуніатам вільно і спокійно обіймати духовні посади та отримувати належне тим посадам майно. У порівнянні з попередньою (1607 р.) ця конституція виразно уточнювала, про яке визнання йдеться, і відрізняла старання уніатів від тих, хто унії не визнавав.

Незважаючи на прихильність, яку виявляв до уніатської ієрархії Сигизмунд III, до підпорядкування Риму усіх православних у Польщі не дійшло. Цьому на перешкоді став опір самих православних, керований двома єпископами та світським магнатом. Силою притягнути опонентів до унії було неможливо, тому що Це суперечило традиціям і устрою Речі Посполитої. Однак ані єпископи, ані Острозький не були вічними. Отже, королю залишалося лише чекати моменту, коли у визнавців православ’я не буде вождів такого рангу, як дотепер, і коли ідея єдності з Католицьким Костелом стане серед них більш популярною. Уже в 1607 році помер владика львівський Гедеон Балабан, який не визнавав унії. Православні в той час довіряли королеві і не піддавали сумніву його право призначати на посади. Використовуючи це право, Сигизмунд III віддав вакантну посаду єпископа Тисаровському. Новий владика ще перед отриманням призначення обіцяв вірність унії. Володар міг сподіватися, що в такий спосіб йому вдасться отримати ще одну руську парафію. Однак так не сталося, бо новопризначений швидко відмовився від зв’язків з унією і прийняв посвячення від православного митрополита молдавського. Хоча дії нового єпископа не могли отримати схвалення короля, однак до скасування призначення не дійшло. Завдяки конституції 1609 року Тисаровський зберіг належні йому як єпископу маєтки і виконував свої функції протягом всього часу панування Сигизмунда III. Коли ж у 1610 році помер другий православний єпископ Копистенський, король продемонстрував більшу обережність і довірив перемишлянську кафедру такому кандидатові, який після отримання призначення залишився вірний унії.

Втрату для православних перемиського єпископата випередила смерть їх світського вождя, князя Костянтина Острозького в 1608 році. З того часу не знайшлося нікого, рівного йому за громадською позицією, хто міг стати на чолі антиуніатської позиції. Навіть син Костянтина Януш встиг раніше прийняти католицизм. Зрештою, так робило багато руських панів. Вплив православ’я серед шляхти дедалі більше спадав. Перед Православним Костелом у Речі Посполитій вимальовувалася перспектива цілковитого занепаду, до якого, однак, не дійшло. Тому що православ’я знайшло собі нового захисника серед козаків. Козаччина в своїй основі була релігійно індиферентна, однак вона мала зажилі стосунки з сусіднім Києвом та київським руським духовенством, яке не визнавало унії. Завдяки агітації київського духовенства ворогами унії стали також і козаки. З панівними серед запорізького війська настроями змушена була рахуватися влада Речі Посполитої, яка потребувала цього війська для охорони кордонів держави. Особливо необхідними виявилися козаки під час війни з Росією в 1617—1618 роках. Отже, щоб заохотити їх для участі в цій війні та уникнути заворушень у державі, Сейм у 1618 році гарантував визнавцям православ’я право вільного відправлення обряду.

Прихильність, виявлена до козаків, надихнула їх до такої міри, що вони взялися до відбудови православної ієрархії в Речі Посполитій. Все ж ініціатива пішла від константинопольського патріархату, особливо зацікавленого в поверненні свого впливу в Польщі. У 1618 році, ще під час польсько-російської війни, до Москви поїхав єрусалимський патріарх Теофан, який мав провести посвячення нового патріарха Росії.

Константинопольський патріарх наділив Теофана і правом висвячення єпископів та митрополитів у країнах, котрі лежать на трасі його подорожі. Коли патріарх єрусалимський в 1620 році повертався з Москви через Київ, він зайнявся також поверненням ієрархії Православній Церкві в Польщі. Допомогли йому в цьому козаки. Після війни з Росією, в якій вони мали особливі заслуги, козаки почувалися в Києві настільки впевнено, що надали Теофану без згоди і відома влади Речі Посполитої можливість висвятити шістьох єпископів та митрополита. У такий спосіб була повністю відбудована православна ієрархія. Здійснено це було так, як раніше на Русі було неможливо. Передусім обминули особу володаря, якому належало право призначати православних владик, у зв’язку з чим нові ієрархи не отримали жодних бенефіцій, які належали їм згідно з посадою. Це був факт, якого досі в тогочасному православному світі не було: утворився Костел, незалежний від світської влади.

Король, коли довідався про починання Теофана, потрактував це як порушення прав володаря, і як факт, ворожий щодо польської держави. Проте ані козаків, ані новопосвячених владик кара не спіткала. На такий перебіг подій вплинула тогочасна політична ситуація. Почалася війна з Туреччиною. У жовтні 1620 року польські війська зазнали поразки під Цецорою. Допомога козаків виявилася необхідною; отже, карати їх було неможливо. З огляду ж на запорізьке військо відмовилися і від репресій щодо православних ієрархів. Зрештою, карати єпископів було складніше тому, що більшість з них мала свої резиденції в монастирях на Україні, в безпосередньому сусідстві від козацьких куренів. Тому король старався лише, щоб нові єпископи не потрапили в центр Речі Посполитої, де своєю діяльністю могли зменшити вплив унії. Він наказав усім місцевим урядовим органам не впускати в міста православних владик. Зрештою, побоювання короля виявилися слушними. Бо в результаті діяльності православного архиєпископа полоцького, Смотрицького, посилилася опозиція до місцевого уніатського владики, Кунцевича, в результаті чого останній був убитий.

Незважаючи на те, що смерть Кунцевича викликала в громадськості Речі Посполитої неприязнь до православних, у релігійній ситуації країни нічого не змінилося. Надалі унія не охоплювала всіх русинів. Проти неї виступали козаки. Діяльність уніатських ієрархів будила неспокій в державі. Навіть не всі католики підтримували Унію, бачачи її слабкість і негативні наслідки, які вона приносила, поділяючи суспільство і нервуючи козаків. Найпростішим виходом зі становища в той час було б надання православ’ю повноти прав і визнання ієрархії, вірної Константинополю. Але це дорівнювало б ліквідації унії, чого не бажали допустити ані уніатські ієрархи, ані король. Тому їм залишався єдиний вихід: намагатися прихилити до унії православну ієрархію, призначену Теофаном. Ініціативу в цьому напрямку виявив Сигизмунд III вже на сеймі 1623 року, але без ефекту. Православні єпископи не хотіли погодитися на умови, які їм було запропоновано. Справа нової унії була відкладена. Тим часом для Польщі з’явилася нова небезпека ззовні. У 1625 році розпочалася нова війна із Швецією. На ведення бойових дій потрібні були кошти. Король звернувся з проханням про гроші не тільки до шляхти, а й до духовенства. Ухвала сейму 1628 року зобов’язувала до пожертвувань на війну як католицьке духовенство обох обрядів, так і духовенство православне. У зв’язку з цим король навіть дозволив православному духовенству зібрати синод у Києві53. Сигизмунд III, напевно, сподівався, що цей з цим король навіть дозволив православному духовенству зібрати синод у Києві. Сигизмунд III, напевно, сподівався, що цей з цим король навіть дозволив православному духовенству зібрати синод у Києві. Сигизмунд III, напевно, сподівався, що цей з’їзд стане кроком до порозуміння між православними та уніатами, однак цього не сталося. Навпаки, зібране в Києві духовенство вороже поставилося до ідеї унії, пропонованої в той час Смотрицьким. Отже, синод спричинився радніше до консолідації сил, які противилися порозумінню з уніатами. Київський з’їзд виразно свідчив про те, що влада Речі Посполитої не тільки не переслідувала православних єпископів, але наданням дозволу на скликання синоду дозволила розвинути діяльність, пов’язану з виконанням релігійних функцій. Правда, король і уніатські єпископи надалі спрямовували зусилля на приєднання Православної Церкви до Костелу, однак їх старання не мали успіху. На черговому, легальне скликаному в Києві синоді в 1629 році, православні висловилися проти унії. Цього разу вагомим чинником було вороже щодо католицизму ставлення київської шляхти і козаків; до них приєдналися також і єпископи. Король не лише змушений був з цим погодитися, але пішов на подальші поступки для православних. У 1629 році він затвердив київське православне церковне братство, а через два роки погодився з вибором нового нелегального православного митрополита Ісайї Копинського. Вибори відбулися завдяки підтримці козаків. Сигизмунд III дуже прагнув усунути козаків від проведення цих виборів, але, побоюючись заворушень у Києві, наказав місцевому воєводі за будь-яку ціну уникати кровопролиття. Бо відбувалося це одразу після повстання Тараса Федоровича. Православні скористалися із сприятливої кон’юнктури і забезпечили своїй церковній ієрархії постійний статус існування. Ця ієрархія дочекалася смерті Сигизмунда III та зміни політики польської влади щодо православ’я.